Una secuencia palindrómica es una secuencia de ácido nucleico ( ADN o ARN ) idéntica cuando se lee en la dirección 5 '→ 3' en una hebra o en la dirección 5 '→ 3' en la hebra complementaria. Este es, por ejemplo, el caso de la siguiente secuencia, que es reconocida por la enzima llamada Eco RI , una enzima de restricción de E. coli :
5'- G AA TT C -3 ' 3'- C TT AA G -5 'La definición de palíndromo en genética es diferente de la definición clásica de signos. En efecto, según este último, un palíndromo es una serie de signos que presentan una simetría, bien ilustrada en latín por el cuadrado Sator : SATOR AREPO TENET OPERA ROTAS .
Por otro lado, los ácidos nucleicos están formados por nucleótidos para ARN y desoxinucleótidos para ADN capaces de aparearse formando pares de bases complementarias : en consecuencia, se dice que una secuencia genética es palindrómica cuando tiene simetría con su secuencia complementaria y no consigo misma; por tanto, se dirá que la secuencia ACCTAGGT es palindrómica, aunque no es simétrica en sí misma, ya que es simétrica con la secuencia TGGATCCA, que es complementaria a ella.
Esta particularidad tiene el efecto de promover la formación de estructuras denominadas "horquilla" o tallo-bucle : las secuencias complementarias y simétricas se emparejan formando una varilla helicoidal con un bucle alrededor del punto de simetría de la secuencia palindrómica. Estas secuencias palindrómicas se encuentran en la mayoría de los genomas .
Las secuencias palindrómicas también se encuentran en proteínas . Son entonces las simetrías de la estructura secundaria y , por tanto, la secuencia de aminoácidos . Sin embargo, su papel sigue sin estar claro. Recientemente se ha sugerido que la existencia de secuencias palindrómicas en proteínas está relacionada con la presencia de regiones de baja complejidad, ya que los palíndromos parecen estar asociados a regiones de baja complejidad. También podrían estar vinculados a hélices α o a la formación de complejos proteína / proteína.