La medalla Helmholtz fue creada el 31 de agosto de 1891con motivo del 70 º aniversario de Hermann von Helmholtz y los investigadores de recompensa por sus logros sobresalientes en los campos de las ciencias naturales y la tecnología, la medicina y la teoría del conocimiento en ciencias sociales. Primero fue otorgado por la Real Academia de Ciencias de Prusia : desde 1946 por la Academia de Ciencias de Alemania en Berlín , desde 1972 rebautizada como Academia de Ciencias de la RDA . Desde 1992, este honor se otorga a la Academia de Ciencias de Berlín-Brandenburgo . La Medalla Helmholtz se otorga cada dos años a partir de 1994.