PyMOL
PyMOL
Interfaces gráficas de PyMOL. El software también puede recibir instrucciones en forma de comandos.
| Desarrollado por | Schrödinger |
|---|---|
| Primera versión | 2010 |
| Última versión | 2.3.3 (21 de agosto de 2019) |
| Depositar | github.com/schrodinger/pymol-open-source |
| Escrito en | Pitón |
| Interfaz | PyQt |
| Sistema de explotación | Multiplataforma |
| Medio ambiente | Multiplataforma |
| Leer formatos | Protein Data Bank ( en ) y CCP4 ( en ) |
| Idiomas | Plurilingüe |
| Tipo | Quimioinformática |
| Licencia | Licencia de Python |
| Sitio web | Sitio web de PyMOL |
PyMOL es un software gratuito de visualización de estructuras químicas en 3D creado por Warren DeLano. Es utilizado principalmente por estudiantes, profesores e investigadores en química y biología estructural . Está desarrollado en Python y es multiplataforma. Por lo tanto, funciona en sistemas Windows, Mac OS X, Linux y Unix. Este software se utiliza regularmente para producir imágenes 3D de alta calidad para publicación científica. Según el autor, aproximadamente una cuarta parte de las imágenes en 3D de proteínas publicadas en la literatura científica se realizan con PyMOL.
Modos de visualización
El software PyMOL admite muchos modos de visualización:
- Alambre: los enlaces entre dos átomos están representados por un alambre cuyo color indica el elemento atómico representado. Esta visualización es útil porque es muy ligera y permite, por ejemplo, colocar la molécula en la orientación deseada antes de producir una representación visual más detallada y larga.
- Bola y palo: representación similar a la imagen del alambre pero "más gruesa". A menudo se usa para representar ligandos ( ADN u otra molécula orgánica que interactúa con una proteína, por ejemplo.
- Relleno de CPK: la proteína se representa como átomos y enlaces a escala. Esta representación respeta los colores de los modelos moleculares convencionales.
- Ribbon: la deformación de la cadena principal de la proteína está representada globalmente por una franja distorsionada en el espacio. Este modo es especialmente útil si añadimos algunos elementos de interés a la visualización.
- Caricatura: esta representación es similar a la representación de la cinta en el sentido de que la disposición de la cadena principal está representada en el espacio por una cinta, pero enfatiza las estructuras secundarias . Por lo tanto, visualizamos claramente las hélices alfa y las hojas beta, respectivamente, en forma de hélices y flechas. Los bucles están representados por la cinta simple.
- Superficie: La proteína es como "envuelta" por una superficie virtual que delimita las zonas accesibles por el solvente (agua en general) y las zonas más internas de la molécula. El cálculo y luego la representación gráfica de esta superficie son codiciosos en recursos informáticos.
Archivos compatibles
PyMOL, por su uso en varios campos de la química y la biología, admite varios tipos de archivos:
- estructura (PDB, CIF, MOL, SDF, MOL2 ...);
- mapa de densidad electrónico (x-plor, cube ...);
- secuencia biológica (fasta ...).
Ver también
Artículos relacionados
enlaces externos
- (es) Sitio oficial
- (es) Wiki