La paléoprotéomique es la aplicación de proteómica (el análisis de conjuntos de proteínas ) con materiales antiguos. Los proteomas antiguos se pueden encontrar en fósiles , sedimentos , etc. Las proteínas proporcionan menos información que el ADN , pero tienen la ventaja de conservarse potencialmente por mucho más tiempo.
La primera aplicación de esta tecnología a proteínas antiguas fue realizada por el grupo de Peggy Ostrom en 2000.
El ADN y las proteínas se degradan con el tiempo. La tasa de esta degradación depende de las condiciones ambientales; se acelera particularmente fuertemente por el calor y la humedad. Es raro encontrar ADN antiguo que pueda explotarse más allá de los 100.000 años en la Eurasia templada y más allá de los 15.000 años en África y Asia tropical. Solo las latitudes del norte, o las condiciones excepcionales de enterramiento y conservación en el suelo, pueden recuperar y descifrar rastros de ADN que se remontan al Pleistoceno inferior o al Pleistoceno medio temprano . Algunas proteínas pueden almacenarse mejor que el ADN en algunos entornos, del orden de 10 veces más.
En 2016 , se han atribuido las proteínas de fragmentos óseos encontrados en la cueva de Renne , en Arcy-sur-Cure ( Yonne , Francia), en la misma capa estratigráfica que los collares de Châtelperronian , y datados entre 45.000 y 41.300 años antes del presente . a los neandertales . Este resultado proporcionó un fuerte argumento a favor de atribuir la cultura de Châtelperronian a los neandertales .
En Mayo de 2019, las proteínas de un molar de la mandíbula de Xiahe , encontradas en China y con al menos 160.000 años de antigüedad, han demostrado que pertenecía a un hombre denisovano . Este es el primer fósil de Denisova identificado fuera de la cueva de Denisova en Siberia .
En octubre de 2019, la filogenia del rinoceronte euroasiático del Pleistoceno inferior y medio se pudo establecer utilizando el proteoma fósil de un esmalte dental que se encuentra en Dmanissi , Georgia , y tiene aproximadamente 1,77 millones de años .
Un estudio publicado en 2020, basado en el análisis de proteínas antiguas encontradas en fósiles humanos de Gran Dolina , en la Sierra d'Atapuerca , España , que data de hace unos 850.000 años, muestra que la especie Homo antecessor no ocurre como un ancestro sino como una línea hermana del último antepasado común de los neandertales y el Homo sapiens . La morfología parcialmente moderna del rostro de Homo antecessor podría, por tanto, ser más antigua de lo que se había estimado anteriormente, y la morfología craneal de los neandertales podría representar una forma derivada en lugar de una ancestral .