La MNase-Seq es una técnica utilizada en biología molecular para identificar regiones de la cromatina ocupadas por nucleosomas en todo el genoma .
Esta técnica se basa en la secuenciación de alto rendimiento de los fragmentos resultantes de la digestión con MNasa . La digestión de la cromatina por MNasa es en sí misma un método relativamente simple y eficaz que permite identificar las regiones de ADN ocupadas por uno o más nucleosomas. Cuando los núcleos de las células permeabilizadas se exponen a la MNasa, en presencia de un catión divalente (por ejemplo Ca 2+ ), esta nucleasa hace cortes de doble hebra entre los nucleosomas, como se muestra en la figura opuesta. El tratamiento de sustratos de cromatina con concentraciones muy altas de MNasa produce una mayoría de mononucleosomas. La migración en gel, seguida de un corte alrededor de 146 pares de bases (pb) permite asegurar la obtención de una gran mayoría de mononucleosomas. Los fragmentos resultantes de este proceso se secuencian luego de acuerdo con los diversos protocolos de secuenciación de alto rendimiento.
El procesamiento básico de los datos de MNase-Seq es similar al de ChIP-Seq , DNase-Seq y FAIRE-Seq , excepto que los fragmentos normalmente se estiran hasta exactamente 146 pb para reflejar el tamaño real de los fragmentos. Otros métodos, basados en un desplazamiento de lectura de 73 pb, también permiten inferir el punto medio nucleosómico, o los extremos de los nucleosomas, al no realizar ningún alargamiento para cada hebra y utilizando la coordenada inicial de cada lectura (orientada según la hebra).