La Inquisición en Portugal o la Inquisición portuguesa es comparable a su contraparte española .
Manuel I primer rey de Portugal, se casa con la infanta española Isabel la30 de noviembre de 1496. La5 de diciembre, un real decreto concede a judíos y musulmanes diez meses para salir del país. El rey cambió de opinión y, el viernes19 de marzo de 1497, ordenó el bautismo de todos los hijos del reino para el domingo siguiente, lo que dio lugar a escenas terribles, sobre todo porque algunos de estos judíos acababan de refugiarse en Portugal en 1492, tras ser expulsados de España. Luego, en 1499, Manuel, al darse cuenta de que su reino corría el riesgo de perder más que sus judíos al expulsarlos, emitió un decreto que prohibía a los conversos salir del país.
La Inquisición se oficializa con el nombramiento de Diogo da Silva (pt) , confesor de Manuel, como Inquisidor General enDiciembre 1531. Pero los conversos influyentes logran que se suspenda.
Charles Quint pesa todo su peso para el restablecimiento de una Inquisición española. La decisión se toma el23 de mayo de 1536bajo el pontificado de Pablo III . Pero los conversos aún lograron, a través de múltiples negociaciones con el Papa, restringir los poderes del Santo Oficio e incluso suspenderlo en 1544.
A pesar de todo, en 1547, la Inquisición fue establecida formalmente por Juan III . Los conversos pelean por última vez sobre la cuestión del poder de confiscación. Esta arma finalmente es cedida a los tribunales, y Portugal obtiene así una Inquisición independiente aún más terrible que su modelo español. De hecho, la conversión al catolicismo se impuso a todos los judíos allí y, a diferencia de España, no estuvo acompañada de la posibilidad de emigrar. En consecuencia, los “ nuevos cristianos ” son los descendientes de estos conversos fruto de una conversión forzada , y sus intentos de fuga al exterior son proporcionalmente más importantes allí que en España. Gran parte de los que quedan siguen “judaizando” en secreto : despreciados bajo el nombre de marranos (“cerdos”), son perseguidos por la Inquisición.
La Inquisición es tan dura en Portugal que un cierto número de “nuevos cristianos” portugueses llegan a intentar refugiarse en España, que sin embargo los ha vomitado.
El Santo Oficio ejercía poderosos poderes y sus bifurcaciones persiguieron a los judíos o los marranos a países lejanos donde se refugiaban como las Provincias Unidas o las islas de los imperios coloniales ( Centroamérica , el Caribe ) de la época. Su última víctima será un sacerdote jesuita , Gabriel Malagrida , quemado en Lisboa enSeptiembre 1761. En 1771 se prohibieron las autodafés públicas. En 1773, se abolió toda diferencia entre los viejos y los "nuevos cristianos" . La Inquisición cesó definitivamente en 1778. Fue abolida formalmente por la constitución liberal de 1822 .
La Inquisición en Portugal ha investigado 40.000 demandas desde su fundación. Para dar un ejemplo de este acoso, la familia de la madre de Baruch Spinoza vivió cien. Más de 30.000 juicios han dado lugar a condenas. Las sentencias se ejecutaron durante cerca de 750 fuegos artificiales ; 1.808 declarados culpables fueron quemados en la hoguera (633 en efigie y 1.175 en persona) y 29.590 fueron “reconciliados”.