El Acuerdo de Manila fue firmado por iniciativa del presidente de Filipinas Diosdado Macapagal el31 de julio de 1963por la Federación de Malasia , la República de Indonesia y la República de Filipinas , tras una reunión celebrada del 7 al11 de junio de 1963en Manila . Su objetivo es tener en cuenta la voluntad del pueblo de Borneo del Norte (recientemente Sabah y Labuan ) y Sarawak , en aplicación del principio 9 del anexo de la resolución de la ONU 1541 (XV) en el principio de la libre determinación , a través de la organización de la libre elecciones en Sabah y Sarawak .
Contiene una serie de acuerdos entre la Federación de Malasia, la República de Indonesia y la República de Filipinas, así como una declaración conjunta de estos tres países.