La Guerra de Java , que los indonesios denominan Guerra de Diponegoro ( Perang Diponegoro ), tuvo lugar entre 1825 y 1830. Su punto de partida fue la negativa del príncipe Diponegoro, hijo mayor del sultán Hamengkubuwono II de Yogyakarta , a dejar a los holandeses para pasar el " Great Postal Road " ( Groote Postweg ) que están construyendo para conectar los extremos occidental y oriental de la isla de Java, por iniciativa del gobernador general Daendels .
Una de las causas de esta guerra es el sentimiento de traición que sienten parte de los príncipes de sangre y la aristocracia javanesa hacia los holandeses. Estos últimos ahora prohibieron a los nobles alquilar sus tierras a un precio demasiado alto. Otra causa fue la cuestión de la sucesión al trono de Yogyakarta. Diponegoro era el mayor, pero su madre no era la reina, por lo que no tenía derecho a heredar.
Al principio, las campañas de Diponegoro tuvieron éxito. Rápidamente controló Java central y sitió Yogyakarta. La mitad de la nobleza javanesa se puso de su lado. La gente lo apoya. Pero Diponegoro está luchando por mantener la fuerza de sus tropas. Por otro lado, el ejército colonial holandés logró reclutar soldados de Minahasa del norte de Sulawesi y luego de los Países Bajos. El comandante de las tropas holandesas, el general De Kock , logró así acabar rápidamente con el asedio de Yogyakarta.
Diponegoro evita las batallas campales y practica la guerra de guerrillas. Las emboscadas y el cólera diezmaron a las tropas holandesas. No fue hasta 1827 que los holandeses lograron tomar la delantera. La rebelión terminó en 1830 , cuando arrestaron a Diponegoro en Magelang , donde lo habían invitado a negociar un alto el fuego. Diponegoro fue exiliado a Manado en el norte de Sulawesi, luego a Makassar en el sur de la isla, donde murió. Los holandeses anexan los principados javaneses.
El número de muertos a causa del conflicto se estima en 200.000, incluidos 15.000 soldados, incluidos 8.000 europeos. La mayoría de los muertos son campesinos hambrientos por la destrucción de las cosechas.
El fin de la Guerra de Java inaugura un nuevo período de paz que permitirá al gobierno colonial holandés iniciar la explotación económica de la isla. El gobernador general van den Bosch inicia un sistema de cultivo forzoso ( cultuurstelsel ) mediante el cual el campesino javanés debe dedicar una cuarta parte de su tierra a la producción comercial, cuyo producto se destina al gobierno, o una cuarta parte de su tiempo para trabajar en plantaciones gubernamentales.
Además, los holandeses se han vuelto cautelosos en sus relaciones con la aristocracia javanesa. Para compensar la pérdida de ingresos de éste resultante de la limitación de las rentas de sus terrenos, los holandeses reclutan miembros de las familias nobles para ocupar los puestos de la administración moderna que establecieron. Estos funcionarios, además de su salario, recibirán un porcentaje en cultivos y productos de plantación.
Finalmente, la pacificación de Java permitirá a los holandeses dedicarse a la sumisión de los demás estados indígenas en Sumatra (en particular el sultanato de Palembang ), Borneo ( sultanato de Pontianak ) y en las demás islas del archipiélago indonesio.