El naufragio de Ngomeni está formado por los restos de un barco mercante portugués del siglo XVI. Descubierto por pescadores en la década de 1980, se anunció en 2006 en el Museo Malindi. Se encuentra a 5 m de profundidad a tres kilómetros de la costa de Ngomeni al norte de Malindi en Kenia.
Las excavaciones se realizaron en un sitio de 20 x 40 m. Revelaron un barco grande y relativamente bien conservado. Llevaba marfil y cuernos de animales, objetos de cerámica islámica verde y negra, así como lingotes de cobre con la marca Fugger . Además, los arqueólogos han encontrado balas de cañón y anclas de piedra, placas de plomo, clavos de hierro y numerosas concreciones. Al final de las excavaciones, se volvió a cubrir el sitio para preservarlo mejor. Está previsto convertirlo en un museo subacuático para promover el desarrollo del turismo. Las muestras recolectadas se almacenan en el museo Fort Jesus .