La habénula pertenece al epitálamo , ubicado detrás y por encima del mesencéfalo , y consta a ambos lados de dos núcleos mediano y lateral. Estos dos núcleos se encuentran dentro del triángulo habenular, delimitados por dentro por el pedúnculo anterior (también llamado "habénula") de la epífisis , por fuera por el pedúnculo lateral y arriba por el pulvinar (núcleo posterior del tálamo ).
El núcleo mediano recibe sus principales aferentes del tabique a través de la estría medular y se proyecta hacia el núcleo interpeduncular.
El núcleo lateral está conectado principalmente al cuerpo estriado y se proyecta sobre el mesencéfalo, en particular sobre la sustancia negra , el rafe y la sustancia gris peri-acueductal.
El núcleo lateral interviene en el sistema de recompensa / castigo, en la inhibición de conductas motoras y en la regulación de estados afectivos, y aparece alterado en casos de depresión .
El término habénula proviene del latín Habena , "riendas" y significa "pequeñas riendas" porque para los neuroanatomistas que lo describieron por primera vez, esta estructura pareada de forma alargada que parecía conectar la epífisis a los dos tálamos de cada lado parecía un par de riendas.