La PCR in silico es una herramienta bioinformática que se utiliza para simular la PCR para un conjunto de cebadores dados.
Esta herramienta se utiliza para optimizar el diseño de sondas basadas en el ADN diana (o ADNc). La optimización de sondas tiene dos objetivos: eficiencia y selectividad. La eficiencia se mejora teniendo en cuenta factores como la proporción de GC, la eficiencia de la hibridación, la complementariedad, la estructura secundaria de los ácidos nucleicos y el punto de fusión (Tm) del ADN. El aumento de la selectividad evita que la sonda se una al azar a otro sitio, oa una región conservada en otro gen de la misma familia. Si la selectividad es insuficiente, el amplicón será una mezcla de múltiples productos además de la secuencia de interés.
Además de la creación de cebadores adecuados, las herramientas de PCR in silico permiten predecir la ubicación de unión de un cebador, su orientación, la longitud de cada amplicón, lo que permite predecir la movilidad en electroforesis de sus diversos componentes, y identificar un posible marco de lectura abierto .
Hay una gran cantidad de software disponible. Uno de los más utilizados es el e-PCR, que está disponible gratuitamente en el sitio web del Centro Nacional de Información Biotecnológica . FastPCR es un software comercial para probar simultáneamente un conjunto de cebadores para múltiples secuencias diana ( PCR multiplex ).
VPCR permite realizar una simulación dinámica de PCR multiplex, con el fin de estimar los efectos cuantitativos de la competencia entre los diferentes amplicones.
Un cebador puede unirse a muchas secuencias predichas, pero solo las secuencias con pocas o ninguna falta de coincidencia (1 o 2, dependiendo de la ubicación) cerca del extremo 3 'del cebador pueden conducir a la extensión de la polimerasa. Esto es para las últimas 10-12 bases cerca del final de 3 '.