La ecología microbiana aborda el lugar y el papel de los microorganismos en un hábitat (medio ambiente, ecosistema ) y la interacción de los microorganismos entre sí y con su entorno. Los microorganismos son muy numerosos, ubicuos (presentes en todo el mundo), muy diversificados, muy adaptativos, tienen una importancia primordial en muchos campos.
La ecología microbiana consiste en caracterizar la biodiversidad microbiana de un ecosistema, caracterizar las interacciones entre microorganismos (cadenas tróficas), identificar el papel de los microorganismos en el ecosistema, estudiar las interacciones huésped-microorganismo ( simbiosis , comensalismo , parasitismo , patógeno, etc.). Por tanto, la ecología microbiana cubre una amplia variedad de áreas.
Las estrategias ecológicas de los microorganismos se describen siguiendo un gradiente entre estrategias copiotróficas y oligotróficas. Las estrategias copiotrophic y oligotróficos son construidos por analogía con las estrategias de K ry . Los copiotrofos, análogos a las especies de estrategia r, se definen como organismos que consumen materia orgánica lábil, tienen altas necesidades nutricionales y presentan altas tasas de crecimiento cuando los recursos son abundantes. Tienen capacidad para crecer muy rápidamente en caso de un aumento en la disponibilidad de recursos, pero también tienen una alta tasa de mortalidad en caso de agotamiento de los recursos. Se cree que son dominantes en ambientes con una gran cantidad de materia orgánica.
Los oligotrofos, análogos a las especies de estrategia K, se definen por tener bajas tasas de crecimiento, una mayor afinidad específica por sus sustratos (por tanto, una mayor capacidad de explotación de recursos de difícil acceso o poco lábiles) y una gran tolerancia al estrés . Se cree que se vuelven dominantes en la comunidad microbiana cuando los recursos son escasos.
Entre sus otras características fisiológicas, se cree que los copiotrofos tienen bajas relaciones C: N y C: P, alto número de copias de ADN ribosómico , bajo rendimiento de crecimiento , altos costos de mantenimiento de la maquinaria celular y producción de enzimas principalmente constitutivas (y no inducibles). Se cree que los oligotrofos poseen características opuestas.